A Pedagogia da Alternância trata-se de uma formação com períodos alternados de vivência e estudo na Escola e na família, acompanhados pelos monitores. Esta pedagogia permite uma formação global onde a experiência e a sistematização ficam presentes; da experiência brotam os novos conhecimentos que são retomados pela escola para aplicação imediata em outras situações de aprendizagem. Por meio da Alternância o aluno analisa sua realidade através das atividades trabalhadas nos períodos escolares e a partir de observações constantes que faz no meio sócio-profissional, no meio familiar. A Pedagogia da Alternância permite que os conteúdos de ensino da Escola Família Agrícola sejam verdadeiramente vinculados ao meio de vida do aluno. A família, a propriedade não é apenas o lugar onde o aluno vai colocar em prática as suas experiências escolares, mas é o lugar onde o aluno vai incorporar ao seu trabalho as interrogações e as preocupações levantadas nas reflexões feitas na escola. A família, ou o meio sócio-profissional é reconhecido pela Pedagogia da Alternância também como lócus de formação do aluno, é nela, a partir do trabalho no seu meio que emergirão os questionamentos que necessitarão de aprofundamento e pesquisa na escola. É uma formação que contempla ação-reflexão-ação, num processo contínuo e interminável, pois pressupõe que aprender é inerente à vida humana e que todo homem aprende sempre.

A história das Escolas Famílias Agrícolas tem mostrado que o trabalho educativo só tem êxito se realizado a partir da ação coletiva. Hoje podemos dizer com alegria que a Pedagogia da Alternância é de patrimônio universal. É conhecida e divulgada no meio educacional e na sociedade em geral, sobretudo naqueles setores ligados à educação e processo produtivo no campo. Tendo o MEPES como o pioneiro na implantação das Escolas Famílias Agrícolas no Brasil, a metodologia da Pedagogia da Alternância cresceu se dinamizou e se tornou referência para as Casas Familiares Rurais, para as Escolas Comunitárias Rurais, para as Escolas de Assentamento e outras, que se apropriaram no sentido de fazer uso adequado à sua realidade. Essa é a beleza de nossa educação! Entendemos que a Pedagogia da Alternância tem pressupostos básicos comungados por todos que a conhecem em sua gênese e que buscam manter sua fidedignidade para não perder o foco. Porém, as apropriações realizadas pelas diferentes unidades proporcionam o enriquecimento dessa prática e comprovam o discurso de que ela, a PA, é viva, dinâmica, própria e apropriada aos sujeitos do campo.